美日共同進行的某項研究過程中發現，
地球在3月13日的13點13分13秒會發生13秒的某種變化，稱為P-13現象。
刑警久我冬樹在這13秒異變時，剛好被歹徒開槍射擊，
一回神後，赫然發現所有人都突然的不見了！
沒有駕駛者的所有車子都失控撞在一起、建築物內完全沒有人影、
電視直播節目也沒有主持人、露天咖啡座裡的可樂杯中冰塊還沒溶解……
一切的一切，讓他不知該如何是好。
騎上腳踏車開始四處搜尋的冬樹，終於聽到哨音而找到第一個 "生還者"，五、六歲的小女孩未央。
接著未央帶著冬樹進入購物中心，找到了未央的母親，白木榮美子。
三人為了找尋食物來到了銀座，又發現人行道上有紅色噴漆噴出的大箭頭，
沿著幾個箭頭指示走，他們發現了第四個 "生還者" 新藤太一。
未央不經意打開收音機，卻意外傳如人聲，按照聲音的指示，
在東京車站找到了高中女生中原明日香、老夫婦山村繁雄和山村春子、
護士富田菜菜美、經理戶田正勝和其部屬小峰義之，
以及應該已經中槍身亡的警視廳管理官久我誠哉。
緊接著不停的出現大地震、氣候也越來越異常，
這些自然的災害造成一堆建築物倒塌、路面塌陷、甚至混濁的泥水充斥道路，連行走都變得困難。
原本繁華的東京，一下子變成災難地區、死寂的空城。
人類，一定得依賴文明才能活下去嗎？
在這種變動之下，該捨棄什麼、還有什麼是堅持不能放棄的信念？
『要讓大家都有無悔的人生，就不能忽略各人的價值觀與自尊。
人或許會覺得別人的行為不合理，但只要那行為對他的人生來說是很重要，
就不該插嘴干涉。』
